Bereits im Verlauf der Christianisierung im 6. und 7. Jahrhundert erhielt Altdorf Bedeutung durch den Glaubensboten und Märtyrer St. Landelin, der in Altdorf beherbergt worden war und im Jahr 640 im Münstertal den Märtyrertod starb. In diesem Zusammenhang darf angenommen werden, dass Altdorf schon in seinen Anfängen eine Kirche hatte. (Erwähnung in den Verbrüderungsbüchern des Klosters St. Gallen im 12. Jahrhundert.)
Hoch über dem Ort liegt weithin sichtbar die Dorfkirche. Die Kirche wurde 1781 – 1783 unter Pfarrer Joseph Tritschler von der Gemeinde Altdorf und dem Kloster Ettenheimmünster erbaut. Ihr Schutzpatron ist St. Nikolaus. Links vom Eingangsportal der Kirche befindet sich die Gedenktafel, die an den Glaubensboten St. Landelin erinnert. Auf dem rechten Seitenaltar ist seit 1794 die Reliquie des Donatus, einem „Katakomben-Heiligen“ aus Rom, zu sehen. Besonders wertvoll ist die 1807 erbaute Orgel aus der Orgelwerkstatt Mathias Martin, einem Schüler von A. Silbermann.
Von den fünf Glocken hat nur das Nikolausglöckchen aus dem Jahr 1681 alle Wirren der Zeit überstanden. Ehrenbürger Jakok Dürrse aus New York stiftete 1949 vier neue Glocken. Das jährliche „Jakob-Dürrse-Läuten“ am 25. Juli erinnert dankbar an diese Spende.
Die selbständige Pfarrgemeinde St. Nikolaus wurde 2007 Teil der Seelsorgeeinheit Ettenheim. Ab 01.01.2012 wurde die Seelsorgeeinheit Ettenheim eine Körperschaft des öffentlichen Rechts mit dem neuen Namen „Römisch-katholische Kirchengemeinde Ettenheim“. Sie ist die erste Gemeinde der Erzdiözese, die diesen mutigen Schritt getan hat.
Das im Juni 2005 eingeweihte Pfarrzentrum mit dem Edith-Stein-Saal bietet Raum für vielfältige Begegnungen.
Verschiedene Gruppierungen gestalten das Leben in der Pfarrei: Besuchsdienst, Bibel teilen, Gemeindeteam, Kirchenchor, Ministranten, Offener Frauenkreis. Kommunionhelfer bringen regelmäßig den Kranken die Hl. Kommunion.
Altdorf verehrt besonders den Hl. Josef. So wird im Monat März täglich um 17:30 Uhr der Josefsrosenkranz gebetet. Höhepunkt ist der Festgottesdienst am 19. März, der nach alter Tradition vom Männergesangverein mitgestaltet wird.
Zur jährlichen Helgenstöckle-Wallfahrt im Altdorfer Wald am Sonntag nach Maria Himmelfahrt sind Pilger von nah und fern eingeladen.
Seit 1890 gibt es einen Kindergarten in Altdorf. Träger ist heute die Römisch-katholische Kirchengemeinde Ettenheim. In der Tageseinrichtung St. Nikolaus gibt es Kinderkrippe, Kindergarten und Schulkindbetreuung. Zurzeit werden insgesamt 100 Kinder in 5 Gruppen im Alter von 2-10 Jahren betreut.
