Bei der Visitation der Pfarrgemeinde im Jahr 1762 stellte der Straßburger Weihbischof und Generalvikar Duvernin fest, dass sich "die ganze Kirche in einem erbärmlichen Zustand" befände. Es wurde verfügt, dass die Pfarrkirche "in allen Teilen neu gebaut und erweitert" werden sollte. Diese Anordnung führte zum Streit zwischen der Stadt, dem Kloster Ettenheimmünster und dem Bistum Straßburg, da es verschiedene Baupflichten gab.
Das Langhaus baute die Stadt Ettenheim unter Franz Josef Salzmann, Baumeister aus Donaueschingen.
Chor und Turm wurden vom Kloster Ettenheimmünster, das in Ettenheim das Zehntrecht und damit die Baupflicht hatte, nach langen Querelen ebenfalls durch Salzmann errichtet. Salzmann musste nach den Plänen von Josef Anton Budinger, Maurer und Steinhauer aus Straßburg, bauen. Die schöne Turmkuppel entstand nach seinem eigenen Plan. Nach der Grundsteinlegung am 11. September 1768, war bereits im Oktober 1769 der Dachstuhl aufgeschlagen. Die Weihe des Chores konnte am 15. Dezember 1771 vorgenommen werden. Die feierliche Konsekration erfolgte jedoch erst am 27. August 1782 durch den Weihbischof Tussanus (Toussaint Duvernin), Generalvikar des Fürstbistums Straßburg; zu dem Ettenheim damals gehörte.
Die ersten Jahre der Kirche sind verbunden mit Kardinal Rohan, der 1785 in die weltbekannte Halsbandaffäre am Französischen Hof verwickelt war. Während der Revolution emigrierte er mit seinem ganzen Domkapitel in den rechtsrheinischen Teil seiner Besitzungen und residierte von 1790 bis 1803 in Ettenheim. Der Kardinal ließ auch über der Sakristei einen Raum errichten, um für sich und seine Begleitung einen Raum innerhalb der Kirche zu haben. Dort konnte er mit Blick auf den Altar und die Kanzel ungestört am Gottesdienst teilnehmen.
Die erste umfassende Renovation der Kirche erfolgte im Jahr 1903. 1959/60 wurde erneut der Innenraum und 1978/79 das Äußere der Kirche gründlich erneuert.
Obwohl die Geschichte der Mark Ettenheim bis ins 8. Jahrhundert zurückreicht, gibt es über frühere Kirchenbauten nur spärliche Quellen. Nachdem im Dreißigjährigen Krieg die Stadt Ettenheim im Jahr 1637 von den Schweden niedergebrannt wurde, wurde im Jahr 1651 die Kirche auf dem Berg wieder aufgebaut. 1655 ist die Ettenheimer Kirche mit den drei Altären zu Ehren des Hl. Christophorus, des Hl. Bartholomäus und des Hl. Martin vom Straßburger Weihbischof Hug geweiht und gesalbt worden. Aus dieser Kirche ist das "Vesperbild" - eine Pieta erhalten, die sich vorne links in einer Nische befindet.
Neuere Forschungen sprechen dafür, dass bereits vor dem Dreißigjährigen Krieg ein Gotteshaus auf dem Kirchberg stand. Daneben gab es in der Unterstadt in der ehemaligen Schaffnei des Klosters Ettenheimmünster eine Kapelle, die der Muttergottes geweiht war und in den Berichten als Basilika "Sancta Maria" bezeichnet wird.
