Die heutige Kirche St. Marien in Ettenheimweiler wurde in den Jahren 1824 bis 1826 erbaut und löste die im Jahr 1509 erstmals erwähnte „frawen capelle zu Wyler“ ab.
Dort befand sich eine „wundertätige“ spätgotische Madonna „zur Weyden“ (s.u), für die 1503 eine Stiftung gemacht wurde. Diese alte Kapelle musste im Jahre 1806 wegen Baufälligkeit abgebrochen werden. Erst nach längeren Auseinandersetzungen um die Baupflicht konnte im Jahr 1824 mit dem Bau einer neuen, größeren Kirche begonnen werden, für die Stadtzimmermeister Johannes Fritschi einen einfachen Plan und den Kostenvoranschlag geliefert hatte. Bereits im Jahr 1823 kaufte die baupflichtige Stadt Ettenheim das 1773 von Johannes Hirschbühl erbaute Orangeriehaus des früheren Klosters Ettenheimmünster, um dessen Steine und Eisen zum Kirchenneubau in Ettenheimweiler zu verwenden.
Vogt Herbstrith von Ettenheimweiler wohnte dem Abbruch des Orangeriehauses in der Zeit von Mai bis Juli 1823 mehrfach bei. Am 17. Mai 1823 überführte man das prächtige Portal der Orangerie nach Ettenheimweiler, um es als Kirchenportal einzubauen. Am 18. September 1826 weihte Stadtpfarrer Götz die neue Kirche „zu Ehren der heiligen Jungfrau“ mit kirchenobrigkeitlicher Erlaubnis ein.
Das Portal aus dem Orangeriehaus, eine meisterhaft barocke Arbeit von Klosterbildhauer Bruder Egidi Butsch, schmückt seither die Weilermer Kirche. Über dem Portalbogen mit der Büste des Hl. Landelin sieht man das Wappenbild von Abt Dornblüeth (1740-1774): drei Rosensträucher auf dem Dreiberg in einer Rocaillekartusche.
Direkt rechts neben dem barocken Portal steht ein beeindruckendes Kreuz von 1748, das sich über einem vierteiligem, mit Schrift und Verzierung versehenen äußerst hohen und schlanken Sockel erhebt. Der Stifter Franz Schwizer hat es vermutlich als Wegkreuz errichten lassen. Mit dem Portal aus Ettenheimmünster und dem erwähnten Kreuz besitzt die Filialgemeinde Ettenheimweiler zwei wertvolle Zeugnisse barocken Schaffens.
Auf dem Dachreiterturm befinden sich zwei Klangstahlglocken aus dem Jahr 1923.
Im Jahr 1979 wurde der Innenraum der Kirche neu gestaltet, u.a. mit bronzener Altarwand mit Tabernakel und Podest für die spätgotische Madonnenfigur.
Im Jahr 2009 erhielt der Innenraum der Kirche im Zuge der notwendigen Arbeiten für die Beseitigung zahlreicher Mauerrisse wiederum eine neue Gestaltung. Die Risse des Mauerwerks, die durch Setzungen und Risse im Untergrund entstanden waren, wurden nach einer sorgsamen Verspachtelung mit einer Holzverkleidung abgedeckt. Die Kirchenwände und die Holzdecke bekamen einen neuen, hellen Anstrich. Die Sitzreihen der Bänke sind durch einen Mittelgang geteilt.
Überdies setzen einige Raumelemente in orangeroter Farbe einen ganz eigenen Akzent. Dazu gehört die Chorwand mit dem Bild „Maria, die Unbefleckt Empfangene“. Bei dem Bild vom Jahr 1926 handelt es sich um eine Kopie des Ettenheimer Malers Rudolf Vogt. Das Originalgemälde, das sich in München in der Alten Pinakothek befindet, stammt vom spanischen Maler José Antonilez (1635 – 1675 Madrid), der es laut Signatur im Jahr 1668 malte.
Maria schwebt kniend auf transparenter Mondkugel, in der sich die Umrisse einer Landschaft abzeichnen; sie kniet in Dreiviertelwendung nach rechts, den Kopf nach links geneigt. Eine den Hintergrund erfüllende Sonnenaureole umstrahlt sie. Um den Heiligenschein sind zwölf Sterne, darüber die Taube des Heiligen Geistes. Puttenengel mit Spiegel, Palmwedel und Schwertlilie, Rosen- und Ölzweig umfliegen Maria. In den oberen Bildecken sieht man geflügelte Engelsköpfe, unten ist der den Paradiesapfel ausspeiende Drache.
Der an der Seitenwand angebrachte Tabernakel leuchtet auf rotem Grund. Dasselbe gilt für das Podest, auf dem die restaurierte spätgotische Madonna platziert ist. Diese „wundertätige Madonna“ soll vor dem Dreißigjährigen Krieg Ziel von Wallfahrten gewesen sein. In einer Kaufurkunde von 1503 wird eine Frauenpfründe „genannt zur Weyden“ erwähnt. Vermutlich hat der Volksmund der Madonna deshalb den Beinamen „zur Weyden“ gegeben, und es entstand die Erzählung vom Weidenbusch, in den sich die Muttergottes-Statue während eines starken Gewitters gerettet haben soll.
Bei der Renovierung im Jahr 2009 wurde der Boden im Chorraum, der aus heimischem Buntsandstein gestaltet ist., neu eingebaut. Aus demselben Material fertigte der Ettenheimer Bildhauer Anno Sieberts einen neuen Ambo. Die Restaurierung der Bilder und Figuren einschließlich der 14 Kreuzwegstationen, die aus der Zeit um 1900 stammen, wurde vom Kirchzartener Restaurator Detlef Reimann durchgeführt.
