Die 1737 fertig gestellte Kirche wurde gegen Ende des 2. Weltkrieges, im Jahr 1945, in Schutt und Asche gelegt. Als die Dorfbewohner nach Kriegsende wieder heimkehrten, ragten nur noch brandgeschwärzte Mauern und die kläglichen Überreste eines total zerstörten Turmes in den Himmel. Auch hier musste mit dem Wiederaufbau begonnen werden.
Am 6. Oktober 1947 wurde der Grundstein zum Wiederaufbau gelegt. Durch viel freiwillige Arbeitsleistung der Einwohner schritt der Bau schnell voran. Bereits im Oktober 1949 konnte die Kappeler Bevölkerung wieder in einem schönen und würdigen Gotteshaus feiern.
Ein herrliches Kunstwerk besitzt die Kappeler Pfarrkirche in der Statue einer Madonna von einem unbekannten Meister aus der spätgotischen Zeit um 1500 nach Christus. Ein Deckengemälde aus dem 6. Jahrhundert erinnert an den irischen Glaubensboten Fridolin, der auf seiner Reise von Straßburg nach Säckingen in Kappel bereits eine christliche Gemeinde angetroffen haben soll und der mit seinem Segen vor den Wellen des Rheines beschützt haben soll.
Der Chorraum wurde im Jahre 1989 durch den Künstler Helmut Lutz aus Breisach geschaffen. Der Triumphbogen wurde näher zur Gemeinde versetzt und die große Altarmensa wurde zu einer fünfstufigen Altarinsel verkleinert.
In den Tisch, den Ambo "Tisch des Wortes", wurden vier Bilder eingraviert: links oben eine schreibende Hand, daneben ein Ohr, darunter ein Radkreuz auf einem aufgeschlagenen Buch und gleich daneben das Henkelkreuz.
Am Altar wurde durch den Künstler ein Fries geschaffen, das mit Blutstropfen und Ähren an die Dornenkrone Jesu erinnert. In der Mitte des Frieses sieht man ein auf die Spitze gestelltes Viereck, in diesem ist ein Lamm in einer geöffneten Traube, die wie ein Kelch das Blut des Lammes aus einer Seitenwunde aufnimmt.
Auf die fünfstufige Altarinsel wurde eine überdimensionale Kreuzigungsgruppe gestellt. Sie wurde von dem Holzbildhauer Lorch im Jahr 1964 für die Pfarrkirche St. Peter und Paul in Lahr aus rohem Zirbelholz (Alpenkiefer) geschnitzt. Da diese aber nach Renovierungsarbeiten keine Verwendung mehr hatten, überließen sie die Kreuzigungsgruppe der Kappeler Pfarrgemeinde. Die Kreuzigungsgruppe besteht aus drei Teilen. In der Mitte befindet sich ein Kreuz mit dem Gekreuzigten, daneben zwei Apostelfiguren. Die eine Figur zeigt den Apostel Paulus, der eine Schriftrolle trägt, die andere Figur ist Petrus, der als Kennzeichen einen Schlüssel in der Hand trägt.
